Los contratos civiles y mercantiles se aplican en diferentes ámbitos, principalmente en su regulación rigiéndose el primero por el Código Civil y el segundo por el Código de Comercio. Por lo tanto, son dos tipos de contratos con matices diversos que deben mantenerse independientes.
Según la Sentencia del Tribunal Supremo de 13 de mayo de 2015: «La distinción entre compraventa civil o compraventa mercantil tiene transcendencia en dos órdenes de acciones, la que versa sobre reclamación por los defectos de la cosa vendida (arts. 342 Código de Comercio o 1486 y siguientes del Código Civil) y la de reclamación por el vendedor del precio de la cosa. Aunque la prescripción para reclamar el precio de la cosa vendida se encuentra en el Código Civil y es de TRES AÑOS (artículo 1967.4º Código Civil) en supuestos de venta de carácter mercantil es de QUINCE AÑOS (art. 1964 C. civil, por remisión del art. 943 Código Comercio), lo que parece incongruente con la postulada seguridad y celeridad en el tráfico jurídico-mercantil.
El Código de Comercio en su artículo 325 exige, para considerar mercantil la compraventa, un doble requisito subjetivo o intencional del comprador: que se realice la compra para ser revendida con ánimo de lucrarse en la reventa posterior. A diferencia de otros contratos regulados en el mismo texto legal en los que reconoce el carácter mercantil del contrato cuando interviene un empresario, por el contrario, la compraventa mercantil quedaría reservada para los comerciantes que son los que profesionalmente compran para revender.»»
Uno de los problemas que se suscitan en los contratos mercantiles surge cuando las partes son profesionales o empresarios y colaboran de forma independiente. Por ello alude a una relación de prestación de servicios entre un profesional (empresario o no) y una empresa. No debe confundirse con una relación laboral entre un trabajador y un empresario, ya que se encuentra regulado por el Código de Comercio. No obstante, pueden surgir problemas en cuanto al contenido del contrato al tener que disponer obligatoriamente de elementos como la razón social, dirección y NIF. En este caso tendría que llevarse a cabo un contrato como TRADE o autónomos dependientes. Estos firmarían un contrato mercantil con la empresa a la cual le presta los servicios y emitirían una factura, no eximiéndo al autónomo de sus obligaciones fiscales.